El boquerón es un pescado azul, aunque no es uno de los pescados más grasos —las sardinas, el atún o el salmón poseen un contenido graso superior—. La grasa presente en los pescados azules es rica en ácidos grasos omega-3. Asimismo, el boquerón es una excelente fuente de proteínas de alto valor biológico, al igual que el resto de pescados.

En cuanto a las vitaminas, destacan —entre las hidrosolubles— algunas pertenecientes al grupo B como la B6, riboflavina, niacina y B12. En general, estas vitaminas contribuyen al metabolismo energético normal. Por otro lado, la riqueza en grasa del boquerón hace que contenga cantidades  interesantes de vitaminas liposolubles como D, la cual contribuye a la absorción y utilización normal del calcio y del fósforo.

En lo relativo a minerales, el boquerón es buena fuente de selenio, fósforo y potasio. Una ración de boquerones cubre el 73% de las ingestas recomendadas de selenio para un hombre adulto y el 92% para una mujer adulta de 20 a 39 años con una actividad física moderada.